Perhevapaan aikana työntekijällä on vahva irtisanomissuoja, sillä silloin työntekijä voidaan irtisanoa vain siinä tapauksessa, että työnantajan toiminta päättyy kokonaan. Suoja koskee raskaus-, erityisraskaus-, vanhempain- ja hoitovapaata. Osittaisen hoitovapaan aikana irtisanominen on sen sijaan mahdollista, mutta perhevapaa ei tällöinkään saa vaikuttaa työnantajan irtisanomispäätökseen.

Työntekijällä on perhevapaan päättyessä niin sanottu paluusuoja, eli oikeus palata vanhoihin työtehtäviin. Jos vanhoja työtehtäviä ei enää ole olemassa, voidaan työntekijälle antaa muita työtehtäviä. Työnantajalla on oikeus irtisanoa perhevapaalta palaava työntekijä, jos työnantajalla on lain edellyttämä irtisanomisperuste, eli jos työ on vähentynyt olennaisesti ja pysyvästi. Sijaisen vakinaistaminen perhevapaalla olleen työntekijän työtehtäviin aiheuttaa syrjintäolettaman, ja vaikuttaa irtisanomisen laillisuuden arviointiin.